日本沈没 潜水艇くわだつみ6500＞のパイロット・小野寺俊夫（草彅剛）は、地球科学博士・田所雄介（豊川悦司）の指揮の下、同僚パイロットの結城達也（及川光博）とともに深海調査に参加していた。その結果、小野寺は驚愕の事実を知る。 海底プレートの急速な下降で、日本列島はわずか1年後に沈没する。 北海道を皮切りに九州から内陸へと地殻変動の波が日本列島全土に襲いかかる。非常事態宜言が発令され、退路を求め逃げ惑う人々。危機管理担当大臣・農森沙織（大地真央）の努力も空しく機性者は増大するばかりであった。一方、小野寺は災害の中で、ハイパーレスキュー隊員の阿部玲子（柴咲コウ）と、家族を失った少女・倉木美咲（福田麻由子）と出会い、3人の間に堅い絆が芽生え始めるが・・・刻一刻と迫る日本列島の終焉。未曾有の国難を前に、いま、日本人の存亡をかけた、壮絶な挑戦が幕を開ける。