ハワイ、カウアイ島に住むリロは、親のいない5歳の少女。姉のナニと二人暮らしの彼女は友達もなく、孤独な毎日を送っていた。ある日のこと、リロは不思議な生き物と出逢い、スティッチと名づけて家族にする。だが、スティッチは手のつけられない乱暴者で、リロとナニを困らせてばかり。実は、スティッチの正体は、宇宙からの逃亡者だったのだ。遺伝子実験で“創られた”スティッチに、愛情など分かるはずもなく、行く先々でトラブルを巻き起こす。それでも、リロはスティッチを見捨てなかった。「スティッチは家族。家族なら、いつまでも一緒だよ」…リロの言葉は、愛を知らないはずのエイリアンの心を少しずつ開いていく。だが、二人の間にかけがえのない絆が生まれたその時、運命は二人を永遠に引き裂こうとしていた…。